Neuvostoliitto pommitti Tallinnaa 9.3. 1944 ja iskuissa tuhoutui myös Estonian rakennus. Teatteri- ja konserttisali jälleenrakennettiin 1940-luvun lopussa arkkitehtien Alar Kotlin ja Edgar Johan Kuusikin johdolla. Kotlin suunnitelmaa inspiroi 1930-luvun uusklassimi ja ajalle ominainen stalinistinen arkkitehtuuri. Kotli yritti säilyttää rakennuksen julkisivun ilmeen Estonian puiesteen puolella, mutta muuten rakennuksen ulkonäkö muuttui dramaattisesti. Myös sisustus menetti kauniin jugendpiirteensä ja muuttui klassistisen ankaraksi.
Konserttisali avattiin uudelleen vuonna 1946 ja teatterisali lokakuussa 1947. Rakentaminen saatiin päätökseen 1951, mutta matalampi keskiosa rekonstruoitiin vasta 1991 talvipuutarhaksi. Nykyään rakennuksessa toimivat Viron kansallisooppera, konsertinjärjestäjä Eesti Kontsert ja Viron kansallinen sinfoniaorkesteri.
